1956年，时任二机部副部长、中国科学院近代物理研究所所长的带领40多名科学工作者来到苏联实习考察。当时著名物理学家钱学森刚从美国回国，他也来到苏联和钱三强见面，并一同留在苏联考察。
1957年，全党开始整风，国内各机关团体开展批评与自我批评，向党提意见，帮助党整风。驻苏联大使刘晓也专门找到钱三强和，征求他们对党内整风的意见。当时钱学森刚从美国回国不久，对国内的情况不够了解，就没有谈什么意见。钱三强已经为党工作多年，入党也已经3年了，他便对刘晓说了心里话：
法国的科学家，每年有固定的经费，研究项目，由科学家征求各方面的意见自己来制定计划，政府在一般情况下不过问，科学院的管理工作由科学家自己来管理和领导。苏联从彼得大帝时期，就吸收法国的经验；在斯大林时期，党组织在科学院也只是做思想工作和后勤工作，一切由科学家自己来管理和领导。中国应该吸收法国、苏联这方面的经验，改进体制，充分信任知识分子，让他们有职有权，业务和行政工作可以由科学家自己来负责，党的工作可以抓思想教育，协助科学家搞好工作。如果体制上不好马上动，可以先选拔几位有才干的科学家到领导岗位上来，参加领导工作，这会很有力地推动科学事业的发展。
刘晓走了以后，钱学森有些不解地问钱三强：“他们想干什么？”
毫无戒备的钱三强很坦然地回答说：“礼贤下士。”
钱三强自认为自己就是一位忠诚的共产党员，是在为改进党风献计献策，他只是想改进党的领导，纯属善意，但他提出的建议仍然被一些领导人认为是不尊重党的领导，实质上是取消党的领导，是反党言论。
不久以后，二机部的一位领导在一次内部会议上批评钱三强说：“这个科学院里，风气不太对头。什么你公、我公的？资产阶级思想泛滥……”
钱三强听后申辩道：“同志们互相称呼‘钱公、李公’，是互相尊重的意思。”
那位领导却说：“这就是资产阶级风气。”
当时二机部归属国务院第三办公室领导，时任第三办公室副主任的也参加了会议，他对那位领导说：“你这话过火了，那不过是一个尊敬的称呼，怎么能这样认识？”
那位领导马上脸红了，他不好意思地说：“我是想改变一下空气，横扫一切污泥浊水。”
宋任穷感叹道：“你还是年轻了一点，不要过火，过火了，就不那么正确了！”
虽然宋任穷为钱三强说了公道话，但不久后他就被调出了国务院第三办公室。后来毛泽东的“好学生”柯庆施又说：“这些个知识分子用两个字就可以概括：一个是懒，平时不肯自我检查；二是贱，三天不打屁股就自以为了不起。”这番话对知识分子的批判是很严厉的，也意味着钱三强已经大难临头了！
后来在毛泽东、周恩来和聂荣臻的保护下，钱三强才侥幸没有戴上“右派分子”的帽子。
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